Koopvlag.nl biedt verschillende betaalmethoden aan, waaronder iDeal, Klarna: achteraf betalen, creditcard, Bancontact, SEPA-bankoverschrijving, PayPal, SOFORT-bankieren, EPS, Giropay, Cartes Bancaires, KBC-betaalknop, Belfius-betaalknop en ING Home’Pay. Elke betaalmethode wordt uitvoerig uitgelegd op de afrekenpagina.